До настоящего времени патоморфология МП у новорождённых детей трактуется неоднозначно. Как правило, о нём упоминается в случае кишечной непроходимости, обусловленной кистозным фиброзом. Однако патогенез заболевания оказывается гораздо сложнее. Первопричиной мекониевого перитонита является внутриутробная перфорация кишечника у плода. В одних случаях причиной перфорации может быть ишемический некроз кишечной стенки у детей с ВУИ. В других – обструкция кишечной трубки плода, обусловленная такими заболеваниями, как меконеальный илеус, заворот кишечника, врождённые перитонеальные тяжи, врождённая атрезия кишечника.  В дальнейшем ишемизированный участок кишки восстанавливается, перфорационные отверстия закрываются (рубцуются) и в этом месте образуются стенозы и атрезии кишечника. При обширных поражениях кишечника и вторичном вовлечении в воспалительный процесс париетальной брюшины возможно образование псевдокист в брюшной полости. Все эти процессы происходят внутриутробно, как правило,  во втором и третьем триместрах беременности. По данным проводимых на этих сроках беременности   УЗИ обследований, как правило,  определяются признаки асцита, увеличение диаметра кишечной стенки, моделируя пренатальную УЗИ картину кишечной непроходимости. Необходимо отметить, что все эти патоморфологические изменения в брюшной полости плода происходят на фоне асептического воспаления.