Формулирование гипотезы о факторах риска, обеспечивших выявленное конкретное распределение заболеваемости, - конечная цель дескриптивной эпидемиологии, касающаяся конкретных элементов социальных и природных условий. Характер гипотез определяется уровнем знаний о нозологической форме болезни и интеллектуальным климатом времени. Гипотезы строятся на основании знаний о конкретном заболевании с использованием методов формальной логики. К методам формальной логики относят:

- метод дифференцирования - выявление достоверных различий в частоте заболеваний по двум группам (периодам времени, сходным территориям), связанным с отсутствием в одной из них определенного фактора или при наличии фактора с разной активностью его действия; надежность гипотезы мала;

- метод «сходства-различия» - заболеваемость в двух группах (периодах времени, сходных территориях) связывают с общим для этих групп фактором; надежность гипотезы достаточная, зависит от степени изученности эпидемиологии болезней;

- метод сопутствующих изменений - анализ фактора, частота и сила которого меняется параллельно с заболеваемостью; надежность гипотезы мала, может быть повышена при сочетании с другими методами;

- метод согласования состоит в сопоставлении результатов различных типов исследований; обеспечивает надежное подтверждение гипотез, построенных другими методами;

- метод аналогии - применение ранее установленных эпидемиологических принципов и положений к сходным по природе и проявлениям ситуациям; надежность гипотезы достаточная, требует согласования.

Первичными в построении эпидемиологических гипотез могут быть как факты, так и научные представления, при этом их можно менять местами:

- гипотезы формулируют на основе конкретных проявлений заболеваемости и сверяют с научными данными;

- гипотезы формулируют на основе научных данных и сверяют с конкретными проявлениями заболеваемости.

В дальнейших аналитических исследованиях проводят проверку гипотез. Не всегда возможно четко разграничить этапы формулирования и проверки гипотез.